Tutorial Software Avogadro

Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasi ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait. Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Postingan kali ini saya akan membuat bentuk struktur molekul Vitamin B6 dengan avogadro. Langkah-langkah membuat molekul vitamin B6 dapat mengikuti langkah di bawah ini.

1. Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

A1

2. Untuk membuat bentuk molekul vitamin B6 pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element pilih atom karbon, klik pada lembar kerja Avogadro

A2

3. Tambahkan atom N dengan ganti pada kolom Element, pilih atom Nitrogen, klik pada lembar kerja Avogadro

A3

4. Tambahkan ikatan antar atom dengan klik pada gambar elemen, tahan den geser sehingga terbentuk ikatan

A4

5. Untuk membuat double bond, cukup klik pada ikatan yang sudah ada

A5

6. Tambahkan gugus fungsi atau cabang dengan klik pada elemen, tahan, dan geser

A6

A6b

7. Ganti unsur karbon dengan unsur oksigen, pada Elemen pilih oksigen lalu klik pada gambar atom karbon yang akan diganti. Untuk menambahkan atom H, pada menu Build, pilih Add Hydrogen

A7

8. Lakukan optimalisasi untuk mendapatkan bentuk molekul yang sesuai dengan panjang dan sudut ikatan dengan klik pada tombol Auto Optimization Tool, sehingga muncul jendele Autooptimization Setting, klik start untuk memulai optimisasi

A8

9. Tunggu sampai optimisasi selesai, setelah selesai klik tombol stop

A9

10. Setelah optimasi maka tampilannya akan seperti gambar di bawah ini.

A10

11. Kita bisa mengukur sudut dan panjang ikatan dengan klik tombol Measure lalu klik pada atom yang akan diukur

A11

Untuk lebih memahami dapat melihat video tutorial dibawah ini. Semoga bermanfaat.

 

Tinggalkan Balasan